Freuds apologi diskuterer Freuds forsvar for psykoanalysen som videnskab med henblik på en nærmere bestemmelse af den viden, som indgår i behandlingen af mennesker, herunder særligt den behandling, som kaldes alternativ. Bogens hovedtema er psykoanalysens opståen set som en proces, hvor Freud i stigende grad fjerner sig fra sin naturvidenskabelige og lægefaglige baggrund. Til trods for den stadig større afstand fastholder Freud, at den behandling, han bedriver, har et videnskabeligt grundlag. Men hvordan kan en terapiform udviklet af hypnosen siges at være videnskab? I sit forsøg på at besvare det spørgsmål kommer Freud i stigende grad til at karakterisere den traditionelle videnskab ud fra de træk, som den mindst identificerer sig med; gehør, håndelag, takt, erfaring osv. Derved kommer Freud til at pege på et element i videnskaben, som den ganske vist ikke selv artikulerer, men som den på den anden side ikke kan sætte sig ud over; det element, som man kalder ”tavs viden”, og som kun kan nærme sig sin genstand indirekte. Vi finder denne form for viden rendyrket i den alternative behandling, dvs. i den type behandling, som ikke er officielt anerkendt som hvilende på et videnskabeligt grundlag. Alternative behandlere har dog typisk ikke et videnskabeligt udgangspunkt som Freud, så hans karakteristik af behandlerens viden har en særstatus, både hvad angår det alternative, terapien, og hvad angår opgøret med det etablerede, videnskaben.